L’AEF  a été créée fin 2007.
Elle est l’une des nouvelles associations fédérées issues de l’ANEF; elle est née de la volonté de réunir deux anciennes sections, celles de la Seine-Saint-Denis et du Val-de-Marne.
Cinq établissements et services sont rassemblés (Foyer éducatif, Maison d’enfants et dispositif Adophé dans le 93, AEMO et Service de prévention dans le 94) sous l’autorité d’un conseil d’administration unique et d’un directeur général.
La création de l’AEF résulte d’une double démarche de fidélité à l’esprit de l’ANEF et de recherche d’une plus grande proximité du conseil d’administration avec les décideurs et financeurs ainsi qu’avec les directeurs et leurs établissements et services.